Sigues sin decir que tensiones te da en una batería y la otra. Midelo primero en vacío, al ralentí y acelerando un poco, después lo mismo con carga, ya nos dirás.
Si tu coche es de los que arrancan a 12 voltios, las 2 baterías deberían estar en paralelo, o sea, los negativos de las 2 baterías a masa o chapa del coche, y los positivos tienen que estar unidos con un cable gordo de los de batería. Si recorres este cable, te encontrarás con el rele de separación que pienso que lo debes de tener, no creo que vayan unidas permanentemente.
Otra cosa sería que tu coche sea de los 80 que arrancan a 24 V., aquí me pierdo un poco de como suelen llevar la instalación, aunque una vez arrancado, también deberían de llegar los 14,3 V. a cada batería.